细菌的特殊结构有荚膜、鞭毛、芽孢，荚膜是胞壁外面覆盖着的一层疏松透明粘性物质，用于抵抗干燥，免受吞噬，堆积某些代谢废物等，鞭毛是某些细菌表面一种纤细呈波状的丝状物。

荚膜对细菌的生存具有重要意义，细菌不仅可利用荚膜抵御不良环境；保护自身不受白细胞吞噬；而且能有选择地黏附到特定细胞的表面上，表现出对靶细胞的专一攻击能力。细菌荚膜的纤丝还能把细菌分泌的消化酶贮存起来，以备攻击靶细胞之用。