朱棣迁都北京后，南京降为留都，由皇族和大臣驻守，以保证南京也有个形式上的朝廷。但南京宫殿渐趋冷落，数百年间，南京明故宫屡遭损坏。

明英宗正统十四年（1449年）夏六月天降雷雨，谨身殿、华盖殿等被雷电击中起火后烧毁。明宪宗成化二十一年（1485年）五月，南京刮飓风，太庙的树被连根拔起，太庙大祀殿和皇城各门兽吻被毁。明世宗嘉靖元年（1522年）七月，南京下暴雨，江水泛滥，整个南京城及皇城都受到不同程度的损坏。

公元1644年，李自成攻陷北京，崇祯帝的弟弟朱由崧逃往南京，在南京建立南明小朝廷，这时明故宫已相当破败，朱由崧只能在武英殿“登基”了，因为三大殿已荡然无存。清军平定江南以后，清政府将明故宫改为八旗兵驻防城，明故宫建筑遭到很大破坏。

公元1684年，康熙皇帝首次南巡，到达江宁（南京），见到残破不堪的明故宫大为感慨，作《过金陵论》一文写道：“道出故宫，荆榛满目，昔者凤阙之巍峨，今则颓垣残壁矣！……顷过其城市，闾阎巷陌未改旧观，而宫阙无一存者，睹此兴怀，能不有吴宫花草、晋代衣冠之叹耶！”可见此时的明故宫已经没有一座完整的建筑了。太平天国战争期间，明故宫又经受了一次较大的破坏，除了地下埋藏的石构件以外，只剩下一片残垣碎瓦、蛇鼠出没的废墟了。

康熙三十八年（1699年），经康熙批准，又拆迁了南京明故宫宫殿殿琉璃瓦，九龙藻井，丹陛等物发往浙江普陀山法雨寺建成九龙大殿，目前法雨寺中还保留了原本为明故宫的丹陛、九龙藻井以及大量的屋顶琉璃瓦、琉璃构件，每一件都非常珍贵。其中 为弥足珍贵的是被安置在法雨寺九龙殿内中间顶部的九龙藻井，九条木雕金龙依然完好，张牙舞爪、栩栩如生，虽然经过多次修葺，但还基本保持原样，充分反映出南京明故宫建筑风格重气势而不追求过分华丽的“简朴”风格。

从法雨寺九龙殿保留的明故宫琉璃构件（包括瓦当、滴水、正脊、垂兽、截兽、正吻等）以及明故宫遗留的构件来看，其装饰风格已为中国明清官式建筑打造了样板，影响其后几百年至今。

1911年，英国人法雷斯又从明故宫遗址中拆走七块石刻和三对石狮，运往下关扬子饭店进行装饰。到了1929年，为了迎接孙中山先生灵柩安葬中山陵，新建了中山东路和逸仙桥，中山东路横跨奉天殿广场，把遗址分为南北两部分（目前南部为白下区管辖，北部为玄武区管辖），这时的明故宫遗址仅存午门与地下柱础等少量的遗迹了。

原国民党主席林森，好古玩古，对明故宫和明孝陵的建筑遗址钟爱有佳。1932年，他修建自己的别墅“桂林石屋”时，竟然从明故宫遗址上“调用”了一批精美石雕装饰在石屋前。

南京解放后，刘伯承、陈毅等同志即邀请有关专家、学者座谈，征求保护意见。与会者一致认为这是我国历史上重要的明朝皇宫遗址，应该予以保护，因此决定将约350个石柱础就地深埋，埋入路北侧中轴线及其两侧；将中山东路北侧约60万平方米的地面辟为南京军区教练场进行保护；并将当年被英国人法雷斯劫至下关扬子饭店的石雕运回，陈列在奉天门遗址。

现在这座由七块石雕组成的石屏风，虽然不知其原来的准确用途，但是精美程度比中都雕刻都有过之而无不及。20世纪90年代南京军区教练场迁出明故宫遗址，现在明故宫遗址已经被开辟成了明故宫遗址公园，供大家参观。

这座作为洪武、建文、永乐三朝的明初皇宫，实际使用长达54年，可 终还是走向毁灭。南京明故宫是北京故宫的蓝本，朱棣在北京修建的故宫是完全按照南京明故宫的形制修建的，明代的北京故宫相当长时期各个部分的名称都和南京明故宫一样，到明中晚期和清代才有所变化。

现在北京故宫大部分建筑虽为清代重建的，即便如此，还是没有改变明代皇宫的整体形制。而南京明故宫并没有留下详细的图纸，考古学者只能根据遗址零散分布的遗迹，大概推测出其分布状况。

即使如此，我们还是能从北京故宫看出当年南京明故宫的辉煌。厚重潜伏的历史底蕴，古风犹存的历史遗迹，明故宫依然散发着她那种历史赋予的高贵气质，无言地叙述那永不磨灭的悲壮历史。明故宫遗迹隐藏的神秘，深深地吸引着后人，并从中感受和想象这座皇宫点点滴滴。