生物学家研究了现代与海马相接近的鱼类为矮烟斗海马。海马和矮烟斗海马大约是在2500万年前开始分别进化。在那时，地壳构造活动使印度洋和太平洋交界处出现了浅水栖息地。在这些浅水区，海草非常的兴旺，而且很快的在周围的环境中繁衍开来， 终形成现在的这种生态环境。因此被认为海马的祖先就是在这里进化。横向游泳的鱼生活在长满海草的海床上不能很好地和周围的环境相 ，很容易被它们的天敌所捕食。而进化中的海马祖先找到一种解决办法：垂直形态游泳，这使得海马完美地融入周围长满海草的生态环境。