司法实践中发票联和抵扣联的主要区别是：发票联是给购货方的，购货方作为记账的凭证，而抵扣联是给购货方，作为抵税的，发票联做到账里，抵扣联中进项税金，认证了之后，购货方能抵税，抵扣联认证了之后，单独订起来。发票联做为记账用，是购物凭证;抵扣联要给退税科提供，被收回去的，用于税款抵扣的。

法律依据：《中华人民共和国发票管理办法实施细则》

第三条

发票的基本联次包括存根联、发票联、记账联。存根联由收款方或开票方留存备查;发票联由付款方或受票方作为付款原始凭证;记账联由收款方或开票方作为记账原始凭证。省以上税务机关可根据发票管理情况以及纳税人经营业务需要，增减除发票联以外的其他联次，并确定其用途。