集体户口的弊端有：

1、如员工需要户口的相关证明，或辞职，会给人力资源增加很多的手续。如结婚、生育、出具户籍证明、办理身份证换代等。

2、集体户口制度，催生了代办户口的行业，行业内充满诈骗，受贿，权前交易。尤其在北京，上海等大中城市。

3、农转非后办的集体户口，不能回原籍，落户需要买房。

4、如夫妻双方均为集体户口，结婚、计生和小孩户口问题办理不了。

5、婚后的集体户口不能迁移回原籍。

6、集体户口二手房公积金贷款需要担保人。

法律依据：《中华人民共和国户口登记条例》 十条

公民迁出本户口管辖区，由本人或者户主在迁出前向户口登记机关申报迁出登记，领取迁移证件，注销户口。

公民由农村迁往城市，必须持有城市劳动部门的录用证明，学校的录取证明，或者城市户口登记机关的准予迁入的证明，向常住地户口登记机关申请办理迁出手续。

公民迁往边防地区，必须经过常住地县、市、市辖区公安机关批准。