慧根深厚意思是很有智慧。佛家说的慧根为二十二根之一，五根之一，意思是智慧、悟性。慧根一词来源于梵语prajn~a^-indriya，巴利语pan~n~indriya的翻译。观达真理，称为慧；智慧具有照破一切、生出善法之能力，可成就一切功德，以至成道，故称慧根。

大乘义章卷四（大四四·五五五下）：‘言信根者，于境决定，名之为信；信能生道，故名信根。（中略）言慧根者，于法观达，目之为慧，根同前释。’[杂阿含经卷二十六、俱舍论卷二]

慧根其实就是悟性，是灵性。心为万法源，心经就是为心源而说，所以叫心经，心经的智慧，为大智慧，妙智慧，智慧功能来源於心，心为智慧体，心为智慧根，称慧根。 

这里的“慧”，不是说世间的普通“智慧”之义，而是指众生对于佛法真谛之“佛慧”，有过去累劫的积聚影响力和现在宿世的灵通领悟力；这里的“根”，是“根器”之义，即众生对“佛慧”的根基深浅水平。