新疆兵团承担着国家赋予的屯垦戍边职责，实行党政军企高度统一的特殊管理体制，在所辖垦区内，依照法律、法规自行管理内部行政、司法事务，是在国家实行计划单列的特殊社会组织，受政府和新疆维吾尔自治区双重领导；所属师、团场及企事业单位分布于新疆维吾尔自治区各行政区内，主要由兵团自上而下地实行统一领导和垂直管理。

新疆生产建设兵团各级都建有中国共产党的组织，发挥着对兵团各项事业的领导作用。兵团设有行政机关和政法机关，自行管理内部行政、司法事务。兵团是一个“准军事实体”，设有军事机关和武装机构，沿用兵团、师、团、连等军队建制和司令员、师长、团长、连长等军队职务称谓，涵养着一支以民兵为主的武装力量。兵团也称为“中国新建集团公司”，是集农业、工业、交通、建筑、商业，承担经济建设任务的国有大型企业。