先秦时期肇庆属南越。秦始皇三十三年（公元前214年），秦平定岭南，设“桂林、象、南海”3个郡。南海郡包括今粤东、粤北、粤中和粤西的一部分。今肇庆部分地域属桂林郡、南海郡。秦置四会县，辖区包括现四会、广宁、怀集等市县的全部或部分，隶南海郡。

汉武帝平定南越国之后，在今高要、肇庆市区、高明和三水西部、云浮东部等地设置高要县。

西汉元鼎六年（公元前111年）地域内置8县，四会县隶属南海郡；广信县、谢沐县、高要县、封阳县、端溪县5县隶属苍梧郡；高凉县、临允县隶合浦郡；统属交州。

东晋永和七年（公元351年），置16县，分隶4郡，统属广州。四会县、怀化县隶南海郡；广信县、高要县隶苍梧郡；元溪县、端溪县、封兴县、都城县、晋化县、龙乡县、夫阮县7县隶晋康郡；临允县、新兴县、南兴县、单牒县、平兴县5县隶新宁郡。

中华人民共和国成立后，肇庆一直是高要县、肇庆市人民政府和肇庆地区行政公署的驻地。1988年3月，肇庆改为省辖市，辖端州、鼎湖两区和高要、广宁、四会、新兴、罗定、云浮、德庆、郁南、封开、怀集10县。