1、鸡鸣寺，位于南京玄武区鸡笼山东麓山阜上，又称古鸡鸣寺，始建于西晋，是南京最古老的梵刹之一，自古有“南朝第一寺”，“南朝四百八十寺”之首寺的美誉，是南朝时期中国的佛教中心。

2、大报恩寺，位于南京市秦淮区中华门外，是中国历史上最为悠久的佛教寺庙，其前身是东吴赤乌年间建造的建初寺及阿育王塔，是继洛阳白马寺之后中国的第二座寺庙，也是中国南方建立的第一座佛寺。

3、净觉寺，是南京最大的清真寺，位于该市城南三山街附近的升州路28号。初建于明朝，现有大殿、二殿、牌坊、望月楼、南北讲堂、碑亭、水房等建筑，被列为江苏省文物保护单位。

4、静海寺，位于江苏省南京市鼓楼区仪凤门外，北倚狮子山，东接天妃宫，西临护城河，为明成祖朱棣为褒奖郑和航海的功德下令敕建的皇家寺院，是中国海上丝绸之路以及郑和下西洋的重要历史遗存之一。

5、灵谷寺，位于南京市玄武区紫金山东南坡下，是南朝梁武帝为纪念著名僧人宝志禅师而兴建的“开善精舍”，初名开善寺。明朝时朱元璋亲自赐名“灵谷禅寺”，并封其为“天下第一禅林”，为明代佛教三大寺院之一。