孔融是孔子的 二十世孙。他的七世祖孔霸是汉元帝的老师，官至侍中。父亲孔宙，曾任太山都尉。他少年时便有突出的才能，受到名士李膺的赞许。

孔融少有异才，勤奋好学，与平原陶丘洪、陈留边让并称。汉献帝即位后，任北军中侯、虎贲中郎将、北海相，时称孔北海。

在任六年，修城邑，立学校，举贤才，表儒术，后兼领青州刺史。建安元年（196年），袁谭攻北海，孔融与其激战数月， 终败逃山东。

不久，被朝廷征为将作大匠，迁少府，又任太中大夫。性好宾客，喜抨议时政，言辞激烈，后因触怒曹操而被 。

孔融是东汉末年一代名儒，继蔡邕为文章宗师，亦擅诗歌。魏文帝曹丕十分欣赏孔融文辞，在他死后曾悬赏征募他的文章，把孔融与王粲、陈琳、徐干、阮瑀、应玚、刘桢六位文学家相提并论，列为“建安七子”。