正常情况下，政府部门不会查低保家庭的微信、支付宝。如果低保家庭的资金是通过红包方式获取的，政府部门不会查低保家庭的微信、支付宝。如果低保家庭微信、支付宝中的资金是通过充值方式获取的，政府部门会查。

政府部门会查银行卡的资金流向，正常情况下，不查低保家庭的微信、支付宝。但是，微信、支付宝中的资金也可以通过银行卡充值方式获取。向微信、支付宝中充值属于银行卡资金流出，在银行卡资金明细中会体现。

微信、支付宝中的一部分资金也来源于红包（支付宝中含有锦鲤、赚前红包、周周乐），此类资金属于奖励性质的资金，不属于政府部门的查证范围。当用户获取此类资金的时候，银行卡资金明细中不会体现。

政府部门只会查在银行卡资金明细中体现的资金流向，只要低保家庭的微信、支付宝中不含有充值的资金，政府部门不会查微信、支付宝。不过，政府部门具备凭借合法证件和手续，查询个人余额的权利。

在正常情况下，微信、支付宝的资金不属于政府部门的统计范围内。