电视剧《黄金瞳》结局庄睿通过手术将脑部的黄金瞳取出，秦萱冰被警方抓获在狱中忏悔自己所做的错事，苗菲菲继续陪伴在庄睿身边，假死的德叔在小岛明子的帮助下成功逃脱。

《黄金瞳》电视剧与小说的部分剧情以及结局有很多不同的地方，在小说中，庄睿结局与秦萱冰在一起，还生了两个孩子，一家四口生活得十分幸福。而电视剧中，秦萱冰这个角色腹黑、阴险，因为做了很多违法的事情，最终受到了法律的制裁。

苗菲菲的结局也不同，在小说中，苗菲菲没有和庄睿在一起，而是嫁给了暗恋自己的军官，但是在电视剧中，苗菲菲自始至终都陪伴在庄睿身边，而庄睿也非常感激苗菲菲的这份感情，两人也算是互明心意。