在元朝建立之前，蒙古军队四处发动对外扩张的征服战争，其战争目的主要以四处掠夺和满足征服欲为主，并没有对征服后的土地进行有效的管理。元朝建立以后，朝廷虽然施行了一些汉法，进行了一定的改革，比如推行科举，尊崇儒家，设立中书省总领全国政务等一些措施，但是，由于施行得不够彻底，因此并没有形成一套完整的体系。

元朝将全体国人分成四等，一等蒙古人，二等色目人，三等汉人，四等南人。规定汉人不得持有兵器、不得打猎、不得集会、夜间不得出行，几户人家才能共用一把菜刀，名字只能用数字来编号（明朝开国皇帝朱元璋在元朝统治时期曾叫朱重八），如果 了一个蒙古人就得偿命，而 死一个汉人只用赔一头毛驴的前。

元朝的内部也十分混乱，由于蒙古初期实行的是“幼子守灶”制度，也称“幼子继承制”，这为元朝的内部统治造成了极大的混乱。在忽必烈死后的四十年间，元朝更换了十个皇帝，其中发生过元英宗被刺 的“南坡事变”，元文宗毒死元明宗后称帝的事件。皇帝更换如此频繁，也恰恰说明元朝的统治极其不稳定。再加上元朝的内部十分腐败，政令朝令夕改，官吏横征暴敛，各种名目繁多的税目盘剥百姓，使得底层民众苦不堪言。

俗话说官逼民反，元朝末期各地爆发农民起义。可笑的是元朝在镇压起义的过程中，内部还在忙于内斗。当时的丞相脱脱被誉为“贤相”，他励精图治，治理黄河，关心灾民，政绩也十分卓越。当这样一位贤相脱脱镇压张士诚的起义军时，居然在朝中被弹劾，结果作战功亏一篑。后来脱脱被革职流放到云南， 后被哈麻矫旨下令自尽。后来元军再也无法抵挡各地起义军的进攻。

1368年，朱元璋的起义军攻陷通州，元惠宗带着皇亲国戚仓皇北逃，史称“北元”，自此元朝结束了对中原地区的统治。朱元璋建立明朝后，为扫除北元势力，明军多次对北元政权进行北伐。1389年，在明军大将蓝玉的进攻下，北元正式灭亡。