允许历史遗留的“违法建筑”进行不动产登记，一方面是保证其暂存期间与合法房屋在登记义务方面的一致性——只有经过登记，缴纳登记费用，才能够对房屋进行占有、使用、收益；另一方面，则是利于“违法建筑”在新一轮城市建设中的“情况查明”。根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》 二十四条 二款的规定，市、县级人民政府作出房屋征收决定前，应当组织有关部门依法对征收范围内未经登记的建筑进行调查、认定和处理。那么，通过存量型“违法建设”的事前登记，无疑将对具体征收过程中的调查工作提供很大便利。

另外，对于违法建设行为人来说，不动产登记则能够确定其对建筑物的财产权利边界。由于允许历史遗留“违法建筑”暂存，在暂存期间，建设行为人的财产归属权益是被默许为合法的，故而这种权利的确认也将增加其财产安全系数。