首先，疫苗按性质可分为灭活疫苗和减毒活疫苗等。

灭活疫苗是用灭活的病原微生物或其代谢产物制成的，病毒在细胞内生长繁殖后，通过加入化学药品使其失去致病能力（灭活），但仍保留了免疫原性，将灭活的细菌或病毒通过各种方法进行纯化，再以合适的佐剂吸附而制成疫苗。灭活疫苗的优点在于进入人体后可直接引起免疫应答，不能生长繁殖，相对比较安全、稳定，但需多次注射，才能产生比较牢固的免疫力。百日咳疫苗、白喉类毒素、破伤风类毒素混合制剂、流行性乙型脑炎灭活疫苗等属于这一类制剂，基因工程重组抗原疫苗（如乙型肝炎病毒疫苗）亦属于此类。

减毒活疫苗是用人工减毒或从自然界筛选的无毒株制备的疫苗。减毒活疫苗接种于人体后，在适当的组织系统中有限度或短暂地增殖，类似一次轻型的人工自然感染过程，从而引起与传染病相类似的免疫应答，但不会发病。减毒活疫苗的优点是在人体内作用时间长，所需接种的次数少，可以产生比较牢固的免疫力。缺点是减毒活疫苗对热不稳定，通常需制成冻干制剂，不易保存和运输。口服脊髓灰质炎减毒活疫苗、麻疹减毒活疫苗，都属于这一类制剂。