战区司令员和军种司令员的关系是这样子的：

1、部队还是在各军种司令员的手里，战时由军种司令员分配军队到各战区司令，比如有一个任务，军种司令员认为只需要一个团的兵力，那么战区司令只能得到一个团的兵力。

2、各战区设立战区军种司令员（有5位，归各自的军种总司令管。）与战区司令员是合作关系，因为人事权不在战区司令的手里，在军种司令员手里， 终在主席手里。

3、总结就是，军种司令员是国家级别的，战区军种司令员是地方级的，战区司令员是地方级的老大，和国家级不在一个层面上。