黑木耳原生长于木材，是一种腐生性很强的木材腐生菌。它虽然是一种腐生菌，但对垂死的木材有一定的弱寄生能力，掌握这种特性，对培养料的选择很有意义。在自然界中，它多生于阔叶树的枯木上，如：栲树、栎树、桑树、榕树、相思树、合欢树、鹅掌木、石栗树、栗树等。由于木耳菌丝不含叶绿素，不能自己制造养分，必需完全依赖培养基质来营养自身。木耳对养分的要求以碳水化合物和含氮物质为主。碳素物质如葡萄糖、蔗糖、淀粉、纤维素、半纤维素、木质素等。氮素物质如氨基酸、蛋白胨等。此外，它还需要少量的无机盐，如钾、镁、磷、钙、铁等，微量的生长素物质。木耳生长在朽木上，以上营养成分完全得到满足。木耳菌丝在朽木上生长，通过自身不断分泌多种酶，分解基质中的物质，使它变成菌丝能直接吸收的物质。

人工栽培黑木耳时，除了段木栽培外，人们根据黑木耳的营养需要，用多种代料作营养基质，效果很好。如破籽棉、稻草、玉米秆粉、甘蔗渣、豆秆、棉花秆等。用代料栽培的黑木耳可节省大量木材，而且把一些天然废物充分利用，既增加生产，也有利环保。