南瓜子可以直接生吃，此外，它还可以炒食，或者研末食用，还可煎汤。一般来说，选购南瓜子时以个大、籽粒饱满、无霉烂变质、虫蛀的为佳。在吃的时候，要注意清除掉坏掉的南瓜子和杂质，保证入口的都是新鲜干净的南瓜子。在商场中有不少炒制南瓜子，但炒制南瓜子 好不可炒太久，炒到香脆就可以了，否则会导致营养成分流失。虽然不少人爱吃炒后的南瓜子，因为口感更好，但其实生吃南瓜子才是 有营养的。

生南瓜子作为大众健康食品，保证了南瓜子的原汁原味，因此也同样受到广大民众喜爱。生吃南瓜子更容易吸收其磷质，就可防止矿物质在人的尿道系统凝结，使之随尿排出体外。从而达到预防肾结石的目的，还可促进已有结石的排出。此外，值得一提的是，生嗑南瓜子还可以治疗早泻、尿频。而且假如是作药用，期望起到治病效果的话， 好还是采取生吃的方法，这样才能更好地发挥南瓜子的营养价值和功效。