起始密码子可以编码氨基酸，真核生物中多为AUG，对应甲硫氨酸；终止密码子不编码氨基酸。通常为UAA、UAG、UGA三个中的一个。

信使RNA（mRNA）的开放阅读框架区中，每3个相邻的核苷酸为一组，代表一种氨基酸，这种存在于mRNA开放阅读框架区的三联体形式的核苷酸序列称为密码子（codon）。由A、U、C、G四种核苷酸可组成64个密码子，其中有61个密码子可编码氨基酸。AUG既编码甲硫氨酸，又作为多肽链合成的起始信号，作为起始信号的密码子称为起始密码子。

绝大多数生物的起始密码子（initiationcodon）都是AUG，作为多肽链合成的起始信号，同时编码一种氨基酸，原核生物的起始密码子AUG翻译对应的是甲酰甲硫氨酸（fMet），真核生物的起始密码子AUG翻译对应的是甲硫氨酸（Met）。某些原核生物也以GUG和UUG为起始密码子。