1、自建房建造时使用的一般是村里的集体土地，商品房则用的是国有土地出让地。

2、自建房的所有人是建房者自己，而商品房是属于开发商，在售卖并办理完证件后才属于购房者。

3、农村建房经过村集体同意，国家土地部门备案后，就可以自己建房；商品房则是在开发商拍下土地后，通过政府审核相关报建资料、设计资料等文件后允许建房，达到可销售程度后方能上市销售的房子。

4、商品房住宅的使用年限一般是70年，此外还有40年和50年的情况；而农村的宅基地的使用权一般是永久的。

5、商品房是可以在市场自由交易的，而农村自建房只能卖给同村同一个集体的村民。