牛黄上清丸的主要成分之一的黄连清热燥湿，泻火解毒。用于湿热痞满，呕吐吞酸，泻痢，黄疸，高热神昏，心火亢盛，心烦不寐，血热吐衄，目赤，牙痛，消渴，痈肿疔疮;外治湿疹，湿疮，耳道流脓。

酒黄连善清上焦火热。用于目赤，口疮。姜黄连清胃和胃止呕。用于寒热互结，湿热中阻，痞满呕吐。萸黄连舒肝和胃止呕。用于肝胃不和，呕吐吞酸。

牛黄上清丸中还含有黄连、黄芩、黄柏等苦寒的药物，长期服用或过量服用，对脾胃虚寒的人不利。所以，需要服用牛黄上清丸时，要中病即止，不要长期服用，以免寒伤脾胃。