伊犁州只对伊犁直属（八县三市）有管辖权，至于副省级的行政定位其实并没有真正得到国务院的认可，只是介于是与不是的现状。当然，伊犁州的行政级别确实不同于新疆其他自治州，伊犁州的各大局、委、办都是副厅（局）级，其他自治州的各大局和部门都是正县（处）级，伊犁州的州长和党委书记大多数都是正厅级干部享受副省级待遇，伊犁州的副州长、党委副书记也都是副厅级干部，伊犁州管辖塔城地区和阿勒泰地区也只不过是名义上的“管辖”，伊犁州对塔城地区和阿勒泰地区不能实际管辖。