1、性质不同：纯净水指的是不含杂质的H₂O，简称净水或纯水，是纯洁、干净，不含有杂质或细菌的水，如有机污染物、无机盐、任何添加剂和各类杂质，是以符合生活饮用水卫生标准的水为原水。天然水构成自然界地球表面各种形态水的总称。 包括江河、海洋、冰川、湖泊、沼泽等地表水以及土壤、岩石层内的地下水等天然水体。

2、来源不同：纯净水通过电渗析器法、离子交换器法、反渗透法、蒸馏法及其他适当的加工方法制得而成。天然水来源于江河、海洋、冰川等。

3、特点不同纯净水纯洁、干净，不含有杂质。纯净水是利用符合国家生活饮用水标准的城市供水系统的水经过一定的生产流程进行生产，因此有效的避免了各类病菌入侵人体，能有效安全地给人体补充水份，具有很强的溶解度，因此与人体细胞亲合力很强，有促进新陈代谢的作用。天然水一般情况地表水的含盐量比较低，但容易受污染，地下水比较洁净，但溶解的矿物质比较多。水中的杂质主要分为：悬浮物、胶体、溶解性物质。如果作为饮用水，有些天然水通过简单处理即可饮用。如某些泉水、井水。而有些必须经过特殊的设备和处理工艺处理后才能饮用，如：河水、湖水、苦咸水等。