自来水消毒的主要目的是防止肠道传染病的发生。饮用水消毒的目的是 灭水中对人体健康有害的绝大部分病原微生物，其中包括细菌、病毒、原生动物等，以防止通过饮用水传染疾病。由于消毒处理并不能完全 灭水中所有微生物，所以消毒处理是在达到饮用水水质微生物学标准的条件下，将饮用水导致的水介传染病的风险降到 低，达到可以接受的水平。

自来水消毒大都采用氯化法，公共给水氯化的主要目的就是防止水传播疾病，这种方法推广至今有100多年历史了，具有较完善的生产技术和设备，氯气用于自来水消毒具有消毒效果好，费用较低，几乎没有有害物质的优点。但经过对理论资料了解、研究，发现氯气用于自来水消毒还是有在一定的弊端。氯化消毒后的自来水能产生致癌物质，有关方面专家也提出了许多改进措施。