南板蓝根和板蓝根区别有：

1、来源不同，板蓝根又称北板蓝根，为十字花科植物菘蓝的干燥根，气味微甜而苦涩。南板蓝根为爵床科植物马蓝的根及根茎，气微，味淡，在南方地区也作板蓝根使用。

2、二者药性、功效、应用基本相同，具有清热解毒，凉血利咽之功效，都可用于外感发热，咽喉肿痛。

3、所含成分不同，北板蓝根含有芥子苷、靛蓝、靛玉红。南板蓝根则不含芥子苷。芥子苷为抑菌成分，因此，北板蓝根比南板蓝根而言，具有对革兰氏阳性菌、革兰氏阴性菌、腮腺病毒有作用。

现今市面上出售的复方板蓝根颗粒也有两种，一种以北板蓝根为主药，一种以南板蓝根为主药。如果是细菌性感染，要买北板蓝根为主药的复方板蓝根颗粒。