一、主体不同

1、注册资本：合营企业在登记管理机构登记的资本总额,是合营各方已经缴纳的或合营者承诺一定要缴纳的出资额的总和。

2、资本公积：企业在经营过程中由于接受捐赠、股本溢价以及法定财产重估增值等原因所形成的公积金。

二、特点不同

1、注册资本：除法律、行政法规以及国务院决定对公司注册资本实缴另有规定的外，公司股东（发起人）自主约定认缴出资额、出资方式、出资期限等，并记载于公司章程。

2、资本公积：投资者或者他人投入到企业、所有权归属于投资者、并且投入金额上超过法定资本部分的资本。

三、用处不同

1、注册资本：不限制公司设立时股东（发起人）的首次出资比例；不限制股东（发起人）的货币出资比例。

2、资本公积：主要是转增资本，即增加实收资本（或股本）。虽然资本公积转增资本并不能导致所有者权益总额的增加，但资本公积转增资本。