1、等级不同：

二级甲等医院是二级医院中实力最强的医院。

三级甲等医院是中国内地对医院实行“三级六等”的划分等级中的最高级别。

2、功能不同：

二甲医院是向多个社区提供综合医疗卫生服务和承担一定教学、科研任务的地区性医院。

三甲医院是向几个地区提供高水平专科性医疗卫生服务和执行高等教育、科研任务的区域性以上的医院。

3、考核标准不同：

二甲医院按照医院的功能、任务、设施条件、技术建设、医疗服务质量和科学管理的综合水平进行等级评定而确定的医院等级。

三甲医院考核的主要项目包括医疗服务与管理、医疗质量与安全、技术水平与效率。