使得新疆的军政管理制度与内地完全一致，从而有效地保证了近代中国西部领域的安全，进一步巩固和加强了国家的统一和民族的团结，大大促进了新疆社会经济的发展，加强了新疆与内地经济文化的联系，为清末中国边疆治理制度的改革树立了典范，对新疆乃至中国后期的发展都产生了深远和积极的影响。

历史证明，这是一种有利于国家统一和封建社会经济发展的统治制度，但是，由于新疆地处祖国西北边陲，加之境内民族众多，经济发展相对落后，历代中国王朝在这一地区实行的是军府制统治制度，无论是汉唐在西域设置的西域都护，还是清朝在新疆设置的伊犁将军，都是属于军事系统的武职官员，其主要职责就是统率驻军、带兵打仗和管理军队屯田，一般不过问各民族中的行政事务。

到清朝时，军府制度已经发展到了极致，其实质上是中央管军政，但不管民政，民政多由本地王公伯克管理，致使当地民众只知道伯克，而不知清政府，这种体制显然与国家统一的大局相背离，因而，新疆建省推行与内地一致的郡县制自然成为新疆历史发展的必然趋势。