首先，“焚书”发生在秦国郡县制实行第八年，起因是博士齐人淳于越上书废除郡县制，主张恢复分封制。而该主张遭到了李斯的大力反对，驳斥了淳于越观点的同时，李斯提倡焚书，并禁止以私学非议朝政。其次，“坑儒”发生在“焚书”的第二年，起因是术士卢生和侯生没有为秦始皇求得不老仙药，为了掩饰自己的过错，便开始在私下诋毁、诽谤秦始皇。后被秦始皇发觉后，两人夺路而逃。由于二人的缘故，方士、术士开始失去了秦始皇的信任。

“焚书坑儒”一词出处《史记·卷121·儒林列传》的说法是“及至秦之季世，焚诗书，坑术士，六艺从此缺焉”。经常被“坑儒”观点引做证据的是《史记·秦始皇本纪》中秦始皇长子扶苏的话(“天下初定，远方黔首未集，诸生皆诵法孔子，今上皆重法绳之，臣恐天下不安，唯上察之。”)，西汉末孔安国(孔子10世孙)《〈尚书〉序》亦言：“及秦始皇灭先代典籍，焚书坑儒，天下学士逃难解散。”西汉刘向《〈战国策〉序》：“任刑罚以为治，信小术以为道。遂燔烧诗书，坑杀儒士”。