《金刚狼3》所有变种人都没了是因为有一部分变种人自然死亡了，还有一部分变种人因为吃了转基因的食物改变了基因无法产生后代， 后一部分变种人则死在了大脑萎缩的X教授手里。

变种人虽然非常的强悍，但是他们的寿命并不比普通人长，甚至还要比普通人短很多，所以其中一些变种人就这样自然死亡了。另外这些变种人想要活下去就必须要吃食物，可是他们吃到的食物却大多都是转基因食物，这些食物会改变人的基因，让他们几十年间都没有后代出生，这样一来，老的变种人已经去世，可是新的变种人却一直没有诞生，变种人就自然而然的消失了。

除了这个原因之外，还有一个非常重要的原因，那就是X教授。X教授非常强大，可是他却因为食用了转基因的有害食物，致使大脑开始萎缩。大脑萎缩之后的他无法掌握自己的思想和行为，于是下手伤害了许多变种人。在这三个重大因素的影响之下，变种人 后全部消失不见了。

后唯一留在世上的变种人只有罗根和X教授，可这个时候的罗根自愈能力早已经消失，他整天喝酒度日，并且靠着当司机生活。但他还是不遗余力的照顾着查尔斯。