北洋系的武将中，段祺瑞是唯一公开反对帝制的。早在辛亥年中，段祺瑞在袁世凯的授意下联合北洋将领发电报逼宫，为老袁拿下江山起到了重要的作用，他也自认为是促成共和的有功之臣。可等到“二次革命”后，帝制派的活动日益露头，段祺瑞看袁世凯也是真心想当皇帝，这下可把老段气坏了。

民国建立后，段祺瑞继续受到袁世凯的重用。尽管当时内阁总理像走马灯一样的更换，但段祺瑞担任的陆军总长却一直巍然不动。“二次革命”时，段祺瑞还亲自代理国务总理，组织战时内阁并一举击败南方革命党人。中国古话说得好，“飞鸟尽，良弓藏；狡兔死，走狗烹”。袁世凯巩固了自己势力后，他发现段祺瑞在北洋军中也已自成一派，而且段为人刚愎自用，很多事情不向袁请示便自行决定，提拔的军官也大多是自己的学生部属。如此以往，恐有军权旁落的危险。

1901年，在段祺瑞的原配夫人去世后，袁世凯为笼络这位干将而将自己视同己出的义女张佩蘅介绍给老段作续弦，两家女眷来往非常密切，袁世凯的子女有时候也叫段祺瑞“姐夫”的。但在民国以后，段祺瑞与“太子”袁克定的关系一直不和，他对于袁克定试图插手军队的企图十分反感，而袁克定则利用各种机会在袁世凯面前诋毁段祺瑞“擅权”、“图谋自立”等。时间久了，袁世凯终于起了疑心，后来便设立了陆海军大元帅统帅办事处，委派其侍从武官荫昌、陆军总长段祺瑞、海军总长刘冠雄、海军司令萨镇冰、参谋次长陈宦等人为办事员，并请出王士珍出来主持常务，一切军政要务均需报袁世凯定夺。

段祺瑞也是个聪明人，他知道袁世凯这是在有意削夺自己的兵权，于是他就干脆找各种借口不参加统帅办事处的会议，对于陆军部的事务也多交给次长俆树铮处理。

由于段祺瑞经常称病，袁世凯也就顺势让他养病休息，改由王士珍代理了陆军总长一职。袁世凯称帝前，段祺瑞曾召集心腹俆树铮、曾毓隽等人，他十分悲愤地说：“项城看来真是要做皇帝了，无可救药啊！想当年，我领衔诸位将领发拥护共和之通电，如今我要是拥项城为帝的话，我在国人眼中还算人吗？试问二十四史，还能找出我这样的人物吗？所以无论公与私，我都宁死不参与帝制，我打算归隐山林，决不多发一言。”

不过话说回来，像段祺瑞这等人物，本就是民国的开国元勋，倘若按照民国政治的运作，他是完全有机会接袁世凯班的。如今，袁世凯要搞“家天下”，断了段祺瑞等人做国家元首的念想不说，还要做袁家特别是那个袁克定的臣属，这就是降志辱身，令人难以容忍了。